「事業承継・M&A補助金」令和8年度（2026年度）版|採択率や申請枠を解説！

ポイント

• 事業承継・M&A補助金は、事業承継やM&Aにかかる専門家費用などを補助する中小企業向け制度

• 2026年度は過去の公募実績から年4回程度の公募が行われる可能性がある

• 2025年度から小規模事業者向けの類型の新設や補助上限額の拡充など4つの変更点がある

事業承継・M&A補助金とは？

事業承継・M&A補助金は、事業を引き継ぐ際に必要となる費用の一部を補助する制度です。

主に次のような費用が対象になります。

• M&A仲介会社への報酬

• デューデリジェンス（企業調査）費用

• 専門家への相談費用

• M&A後の統合（PMI）にかかる費用

例えば、企業を売却する場合には、M&A仲介会社への報酬が数百万円〜数千万円になることもあります。

補助金を活用すれば、こうした費用の一部を国が負担するため、事業承継のハードルを下げることができます。

制度では、目的に応じて4つの申請枠が用意されています。

参考：事業承継・M&A補助金公式サイト

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事業承継促進枠

事業承継促進枠は、親族や従業員へ事業を引き継ぐ予定の中小企業が、承継のタイミングで設備投資などを行う際に利用できる制度です。

事業承継では、経営体制の見直しや設備更新が必要になるケースが多くあります。そこで国は、承継後の事業成長を後押しするため、設備投資などの費用を補助しています。

事業承継対象期間において、被承継者から承継予定者へ事業を引き継ぐことを前提に、承継予定者を中心に実施される生産性向上等に係る取組が補助対象事業となります。

補助対象事業となる生産性向上等に係る取組は、

• 承継予定者（後継者）が主導して取り組む事業であること

• 承継予定の中小企業者等における事業であること（事業計画期間（5年）において該当法人または事業の存続を前提とすること）

• 承継予定者が引き継ぐ中小企業者等の経営資源を有効活用した事業であること

が要件となります。

※一定の賃上げを実施した場合、補助上限が最大1,000万円に引き上げられます。

参考：事業承継促進枠

専門家活用枠

専門家活用枠は、会社や事業を売却・譲渡したい企業、または買収したい企業が、M&Aの専門家へ支払う費用を補助する制度です。

M&Aでは、仲介会社やファイナンシャルアドバイザー（FA）、会計士などの専門家が関わることが一般的です。これらの費用は数百万円以上になることも多く、中小企業にとって大きな負担になります。

補助対象となるM&Aは、次の要件を満たしている必要があります。

• 補助事業期間内に、事業の譲り渡しまたは譲り受けを伴うM&Aを実施する予定であること

• 売り手（被承継者）と買い手（承継者）の間で、事業の統合や再編が実際に行われること

• 単なる不動産や設備の売買、グループ内再編、親族間承継のみの取引ではないこと

つまり、会社や事業そのものを引き継ぐ実質的なM&Aであることが補助対象の条件となります。

2025年度からは、小規模事業者の売り手向けの類型が新設され、より利用しやすくなりました。

※M&A仲介費用は、M&A支援機関登録制度に登録された支援機関の費用のみ対象です。

参考：専門家活用枠

PMI推進枠

PMI推進枠は、M&A成立後の経営統合（PMI）に必要な費用を補助する制度です。

PMIとは「Post Merger Integration」の略で、買収した企業と既存企業を一つの組織として運営するための統合作業を指します。

補助対象となるPMI推進枠の事業は、次の要件を満たしている必要があります。

• 事業を譲り渡す側（被承継者）と譲り受ける側（承継者）の間で、事業再編や事業統合を伴うM&Aが実施されている、または実施予定であること

• M&A成立前に、買い手（承継者）がデュー・ディリジェンス（DD：企業調査）を実施していること

• 単なる不動産や設備の売買、グループ内再編、親族間承継のみの取引ではないこと

つまり、事業の引き継ぎを伴うM&Aが行われ、その後の経営統合（PMI）を進める取り組みであることが補助対象の条件となります。

内訳

• PMI専門家活用類型：150万円

• 事業統合投資類型：800〜1,000万円

一定の賃上げを行う場合、上限額は1,000万円まで引き上げられます。

参考：PMI推進枠

廃業・再チャレンジ枠

廃業・再チャレンジ枠は、事業承継やM&Aの際に不要になった設備や店舗の整理費用を補助する制度です。

補助対象となる廃業・再チャレンジ枠の事業は、次の要件を満たしている必要があります。

• 補助事業期間内に、廃業登記や在庫処分、建物・設備の解体、原状回復など、事業の廃業または事業撤退に関する取り組みを行うこと

• 再チャレンジ申請の場合は、廃業後に新たな事業の開始や法人設立、就職などの新しい活動に取り組むこと

• 公序良俗に反する事業や、公的資金の使途として不適切と判断される事業、国の他の補助金と重複する事業ではないこと

つまり、事業承継やM&Aに伴う廃業・事業撤退を行い、その後の新たな挑戦（再チャレンジ）につながる取り組みであることが補助対象の条件となります。

※補助率は併用する枠の条件に準じます。

また、廃業・再チャレンジ枠は、事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠と併用可能です。

参考：廃業・再チャレンジ枠

事業承継・M&A補助金の採択率は？

事業承継・M&A補助金の採択率は、おおむね60％前後で推移しています。

ここでは、最新の公募結果をもとに採択率の実績を紹介します。

参考：採択結果（第13次公募）

2026年1月15日に発表された第13次公募の採択結果は次の通りです。

申請481件のうち293件が採択されており、約6割が採択されています。

これは、多くの補助金の採択率（30～50％程度）と比べても比較的高い水準です。

第13次公募では、申請枠ごとの採択率も公開されています。

枠ごとの採択率を見ても、大きな差はなく、どの枠も約6割前後となっています。

そのため、採択率の観点では特定の枠が極端に不利になることはありません。

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事業承継・M&A補助金の2026年の公募スケジュールは？

事業承継・M&A補助金は、2026年度は年4回程度の公募が行われる可能性が高いと考えられます。

2025年度は、第11回〜第14回の合計4回の公募が実施されました。

なお、第14回公募は2026年に申請期間が設定されており、年度をまたいで実施される公募となっています。

そのため、補助金の申請を検討している場合は、年度だけでなく公募回ごとのスケジュールを確認することが重要です。

2025年度と同じ公募間隔をもとにすると、2026年度は次のようなスケジュールになる可能性があります。

2026年度の初回である第15回公募は2026年5月〜6月頃と予想されます。

事業承継・M&A補助金は、年度をまたいで公募が実施されることがある制度です。

そのため、2026年度の最後の公募は、2027年の申請期間になる可能性もあります。

2025年度に実施された公募スケジュールは次の通りです。

2025年度のスケジュールを見ると、約2〜3か月ごとに公募が実施されています。

この実績から、2026年度も同様の間隔で年4回程度の公募が行われる可能性が高いと考えられます。

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事業承継・M&A補助金の申請の基本的な流れは？

事業承継・M&A補助金は、申請 → 審査 → 事業実施 → 報告 → 補助金交付という段階を経て支給されます。

特に重要なのは、補助金は後払い（精算払い）という点です。

設備投資や専門家費用などは、いったん自社で支払いを行い、その後に補助金が交付されます。

申請から補助金受け取りまでの流れは、次の5つのステップで進みます。

1.        準備と申請（公募期間）

2.        審査と採択（審査期間）

3.        事業の実施（補助事業期間）

4.        検査と補助金の受け取り

5.        事業化状況の報告（3〜5年間）

1.準備と申請（公募期間）

最初に行うのは、事業承継やM&Aの計画を整理し、補助金の申請を行う段階です。

事業者は次のような準備を進めます。

• 自社の課題の整理

• 事業承継やM&Aの計画作成

• 補助金の申請書類の準備

その後、公募要領を確認し、電子申請を行います。

申請期限を過ぎると受付されないため、公募期間内に手続きを完了することが重要です。

2.審査と採択（審査期間）

申請後は、事務局による審査が行われます。

提出した事業計画が評価され、補助対象として採択されるかどうかが決まります。

審査では、次のようなポイントが確認されます。

• 事業承継やM&Aの実現可能性

• 事業の成長性や生産性向上

• 地域経済や雇用への効果

採択された後は「交付申請」を行い、交付決定を受けてから事業を開始します。

3.事業の実施（補助事業期間）

交付決定を受けた後に、補助事業を実施します。

この段階では、設備投資や専門家への依頼など、計画した事業を進めます。

注意点として、交付決定前に契約や支払いを行った経費は補助対象になりません。

事業が完了したら、実際にかかった経費や事業内容をまとめて実績報告を提出します。

4.検査と補助金の受け取り

事業完了後、事務局による検査が行われます。

提出した報告書をもとに、事業内容や経費が確認されます。

ここでようやく補助金が支払われます。

そのため、補助金は後払い（精算払い）となる点に注意が必要です。

5.事業化状況の報告（3〜5年間）

補助金を受け取った後も、一定期間は事業の状況を報告する必要があります。

事業承継・M&A補助金では、3〜5年間の事業化状況報告が求められます。

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事業承継・M&A補助金と前年度の違いは？

事業承継・M&A補助金は、令和7年度補正予算の内容を踏まえて制度の一部が見直されています。

令和6年度との主な変更点は次の4つです。

1. 小規模事業者向け類型の新設

2. 廃業・再チャレンジ枠の補助上限額の引き上げ

3. 廃業に関する対象経費の拡充

4. 専門家活用枠（売り手支援）の構成変更

参考：事業承継・M&A補助金のちらし

1. 小規模事業者向け類型の新設

2026年では、専門家活用枠の中に小規模事業者向けの新しい類型が追加されました。

中小企業庁の調査では、中小企業の約半数が後継者不在とされており、小規模事業者の事業承継を後押しするための制度強化が進められています。

新設された「小規模売り手支援類型」の条件は次の通りです。

この類型は、比較的小規模なM&A案件でも補助金を活用できるように設計されています。

仲介手数料やデューデリジェンス費用などの専門家費用を支援することで、小規模企業のM&Aを促進する目的があります。

2. 廃業・再チャレンジ枠の補助上限額の引き上げ

廃業・再チャレンジ枠の補助上限額が、前年度より大きく引き上げられました。

廃業に伴う費用は想定以上に高額になるケースが多いため、支援額が2倍に拡充されています。

この変更により、事業承継やM&Aに伴う廃業手続きの負担が軽減されることが期待されています。

3. 廃業に関わる対象経費の拡充

2026年では、廃業・再チャレンジ枠の対象経費も拡充されました。

新たに追加された主な対象経費は「土壌汚染調査費」です。

例えば、工場や事業所の土地を処分する場合、土壌調査が必要になるケースがあります。今回の制度変更により、このような費用も補助対象として認められるようになりました。

これにより、廃業に伴う実務的なコストを幅広く支援できる制度へと改善されています。

4. 専門家活用枠（売り手支援）の構成変更

専門家活用枠の構成も見直され、売り手向け支援の選択肢が増えました。

従来は「売り手支援類型」のみでしたが、2026年度からは小規模案件に対応した類型が追加されています。

そのため、

• 小規模事業者のM&A

• 地域の小規模企業の事業承継

といったケースでも、補助金を活用しやすくなりました。

なお、事業承継促進枠やPMI推進枠の補助率（1/2〜2/3）や補助上限額の基本構造は、前年度から大きな変更はありません。

制度の詳細や最新の公募条件は、公募要領で必ず確認してください。

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事業承継・M&A補助金に関連するよくある質問

Q：事業承継とM&Aの違いは何ですか？

A：事業承継とM&Aは、どちらも会社や事業を引き継ぐ方法ですが、引き継ぐ相手が異なります。

例えば、社長の子どもが会社を継ぐ場合は「事業承継」です。

一方、別の企業に会社を売却する場合は「M&A」に該当します。

近年は後継者不足の影響で、第三者への承継（M&A）が増えていることが特徴です。

Q：事業承継・M&A補助金は個人事業主でも申請できますか？

A：個人事業主でも、条件を満たせば申請できます。

事業承継・M&A補助金の対象者は、次のような中小企業者や個人事業主です。

• 中小企業基本法に定める中小企業

• 個人事業主

• 小規模事業者

ただし、申請する枠によって条件が異なります。

例えば、M&Aを伴う申請の場合は、事業の譲渡や統合が実際に行われることが必要です。

申請条件の詳細は、公募要領で必ず確認してください。

Q：2026年度の事業承継・M&A補助金の初回公募はいつ開始されますか？

A：2026年度の初回公募は、2026年5月頃に開始される可能性が高いと考えられます。

2025年度は次のスケジュールで公募が行われました。

この実績から、2026年度も5月頃から新しい公募が開始される可能性が高いと予想されています。

ただし、公募スケジュールは年度ごとに変更される場合があります。申請を検討している場合は、必ず公式サイトで最新情報を確認してください。

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