勤怠管理システムランキング2026年版！比較と選び方ガイド

本コラムの結論3点

• 出退勤管理、残業・シフト・休暇管理、レポート機能など、自社業務に必要な機能を整理する。

• 申請期限・報告義務・経費計上・併用ルールを確認し、初期費用や運用コストを最大限抑える。

• クラウド型は低コスト・簡単運用・補助金活用しやすく、オンプレ型は高セキュリティ・カスタマイズ可能・補助金対象外の可能性あり。

2026年最新！勤怠管理システムおすすめTOP5

出典：勤怠管理システムの機能を従業員・管理者視点で解説

2026年はクラウド型が主流となり、

• コスト

• 連携性

• 使いやすさ

で差がつく時代。

特に中小企業でも、導入しやすい低価格かつ高機能なサービスが上位を占めています。

• 実績

• 人気

• 機能

などの要素をもとに、厳選したランキングTOP5を早速みていきましょう。

第1位 ハーモス勤怠

出典：HRMOS勤怠の特徴・導入事例など製品情報を紹介！

• 月額料金が安く、中小企業から大企業まで幅広く対応。

• 低コストでありながら必要機能が揃っており、導入しやすさが魅力。

第2位 freee勤怠管理Plus

出典：freee人事労務のさらなる充実のため 新たにfreee勤怠管理Plusを提供へ

• 多様な打刻方法に対応。

• 給与計算との連携が強く、バックオフィス業務をまとめて効率化できる点が高評価。

第3位 ジンジャー勤怠

出典：ジンジャー勤怠 | Resource Cloud

• シンプルな操作性と高機能のバランスが特徴。

• 労務管理の自動化に強く、働き方改革にも対応。

第4位 オフィスステーション勤怠

出典：オフィスステーション 勤怠

• 給与ソフトとの連携がスムーズ。

• シンプルで使いやすく、導入後の運用がしやすいのが特徴。

第5位 勤労の獅子

出典：柔軟な設定で多様な運用に対応！

• コンサルタントによるサポートが強み。

• 初めて導入する企業でも安心して利用可能。

参考：労働時間・休日

勤怠管理システムとは何か

出典：わかりやすく解説｜勤怠管理システムとは？

勤怠管理システムとは、従業員の

• 休暇

• 労働時間

• 出勤や退勤

などの勤務状況をデジタルで管理する仕組みのことです。従来は、

• 紙の出勤簿

• タイムカード

などで管理されていましたが、現在はクラウド型のシステムを活用する企業が主流になってきています。

企業における勤怠管理は、単なる出退勤の記録だけでなく、

• 給与計算

• 労務管理

• 法令遵守

にも直結する重要な業務といえます。

そのため、正確かつ効率的に管理できる仕組みとして、勤怠管理システムの導入が進んでいます。

基本的な機能は？

勤怠管理システムには、日々の業務を支えるさまざまな機能があります。

代表的なものは出退勤の打刻機能です。

• パソコン

• ICカード

• スマートフォン

などを使って打刻ができるため、場所を問わず正確な記録が可能です。また、

• 残業時間

• 深夜労働

• 休日出勤

の自動集計機能も重要です。

これにより、手作業による計算ミスを防ぎ、業務負担を大幅に軽減できます。さらに、

• 有給休暇

• 欠勤の申請承認機能

も備わっており、社内の手続きをスムーズに進めることが可能です。

勤怠管理システムの導入が進んでいるのはなぜ？

近年、勤怠管理システムの導入が進んでいる背景には、働き方の多様化があります。

• リモートワーク

• フレックスタイム

の普及により、従来のような固定的な勤務管理では対応が難しくなっています。こうした状況に対応するため、

• 場所

• 時間

にとらわれない柔軟な管理が可能なシステムが求められています。

出典：フレックスタイム制とは？

クラウド型であればインターネット環境があればどこからでもアクセスできるため、現代の働き方に適しています。

また、労働基準法などの法令遵守の観点からも重要性が高まっています。

• 長時間労働の管理

• 有給休暇の取得状況の把握

など、企業に求められる管理水準が年々厳しくなっているため、システムによる自動化が不可欠です。

クラウド型とオンプレ型の違いは？

出典：オンプレとクラウドのコストを比較！

勤怠管理システムには大きく分けて、

• クラウド型

• オンプレ型

があります。

クラウド型

• インターネット経由でサービスを利用。

• 初期費用が低く、更新やメンテナンスも自動化。

• 補助金活用しやすく、テレワークにも対応可能。

オンプレ型

• 自社サーバーにインストールして運用。

• 初期費用は高いが、セキュリティ面で優れる。

• 複数拠点やカスタマイズに向くが、補助金対象か事前確認が必要。

導入コストだけでなく、

• 運用のしやすさ

• 補助金活用のしやすさ

も含めて検討しましょう。

出典：オンプレミスとは

参考：デジタル化・AI導入補助金2026

導入前に確認しておくべきチェックポイント

勤怠管理システム導入前には、以下の点を確認しておくと安心です。

• 自社の業務規模・従業員数に合った機能か

• 導入費用や運用コストを補助金で軽減できるか

• クラウド型・オンプレ型どちらが自社に適しているか

• 導入後の報告義務や経費計上方法を把握しているか

参考：労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン

勤怠管理システム補助金活用のポイント

出典：【2026ランキング】勤怠管理システム比較24選！

勤怠管理システムは、

• 自治体補助金

• デジタル化・AI導入補助金

を活用することで初期費用を大幅に削減可能です。

出典：【2026年版】デジタル化・AI導入補助金とは？

特にクラウド型システムは補助金対象になりやすく、初めて導入する中小企業にも最適です。補助金活用には、

• 申請書の作成

• 導入目的の明示

が必要で、専門家に相談することでスムーズに進められます。

出典：在庫管理システムの選び方

みんなの補助金コンシェルジュでは、勤怠管理システム導入に活用できる補助金の申請もサポートしています！

「専門家に申請書作成を依頼したい」「補助金対象か確認したい」などお気軽にご相談ください。

【無料】勤怠管理システム補助金の相談はこちら！

勤怠管理システムの選び方2026年版！クラウド型・オンプレ型・補助金活用まで徹底解説

近年、

• 働き方改革

• テレワークの普及

に伴い、勤怠管理システムの導入は中小企業から大企業まで必須となっています。しかし、システムの

• 種類

• 機能

• 導入コスト

は企業によって大きく異なるため、選び方を間違えると、業務効率化どころか負担が増えるケースもあるでしょう。

そこでここでは、勤怠管理システムを選ぶ際のポイントを、クラウド型・オンプレ型の違い、自社に合った機能、補助金活用の観点からわかりやすく解説します。

クラウド型・オンプレ型それぞれのメリット・デメリット

クラウド型とオンプレ型で、どちらを選ぶかで

• 導入費用

• 運用方法

• セキュリティ対策

が変わるため、自社のニーズに合わせて選んでください。

クラウド型の特徴は？

出典：クラウド型RPAとは？特徴やメリット

クラウド型は、インターネットを通じてシステムを利用する形態です。

初期費用が比較的低く、

• メンテナンス

• サーバー管理

も不要なため、導入が簡単で中小企業に適しています。

• 機能追加

• アップデート

も自動で行われるため、常に最新の環境で運用できる点も魅力です。

クラウド型メリット

• 初期費用が抑えられる

• サーバー管理不要で運用が簡単

• スマホやタブレットでの打刻対応が可能

• デジタル化・AI導入補助金などの補助金を活用しやすい

クラウド型デメリット

• データを外部サーバーに預けるため、セキュリティ面に不安を感じる場合も

• カスタマイズ性は限定的で、自社業務に完全に合わせるのは難しいことがある

クラウド型は特に、

• 導入コストを抑えたい中小企業

• テレワークや外出先での打刻が多い企業

などにおすすめです。

オンプレ型の特徴

出典：オンプレとクラウドで業務システムはどう違う？

オンプレ型は、自社サーバーにソフトウェアをインストールして運用する方式です。

初期費用はクラウド型より高額になる傾向がありますが、データを社内で管理できるため、セキュリティ面で優れています。また、

• カスタマイズ

• 既存の社内システムとの連携

にも柔軟に対応できます。

オンプレ型のメリット

• 自社業務に合わせたカスタマイズが可能

• データを社内管理できるためセキュリティ面が強い

• 長期的にはランニングコストを抑えられる場合もある

オンプレ型のデメリット

• 初期導入費用が高い

• 導入や運用の手間がかかる

• デジタル化・AI導入補助金などの補助金対象にならない場合がある

オンプレ型は、

• セキュリティを最優先したい企業

• 大規模組織で複数拠点を管理する企業

などに適しています。

参考：働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）

自社に合った機能を明確にする

勤怠管理システムを選ぶ際には、自社に必要な機能を整理することが最も重要です。

機能を明確にせず導入すると、必要なコストがかかるだけでなく、業務効率化も期待できません。

代表的な勤怠管理機能

• 出退勤管理

• 打刻の自動集計

• 打刻忘れ防止機能

があるかを確認してください。

• スマホ

• ICカード

• 指紋認証

など、多様な打刻方式に対応していると便利です。

出典：タイムカードの集計 | タイムカード

残業管理・労働時間管理機能

働き方改革に対応するためには、

• 残業時間

• 法定労働時間

の管理が必須です。

• アラート機能

• 自動計算機能

があると、

• 未承認残業の防止

• 労務管理の効率化

が期待できるでしょう。

シフト管理機能

出典：スケジュール(シフト管理) | 機能とは

シフト勤務の従業員が多い場合は、

• 調整機能

• シフト作成

が重要です。

• シフト希望

• 休暇申請

を反映できる機能があると、管理負担が大幅に軽減されます。

休暇・有給管理機能

出典：有休管理システム オフィスステーション有休管理

• 有給休暇

• 特別休暇

を正確に管理できることは、

• 法令順守

• 従業員満足度

の観点からも重要です。

レポート・分析機能

• 出勤率

• 残業集計

• 月次勤怠報告

などを自動で作成できる機能があると、管理者の負担を減らし、経営判断にも活用できます。

自社の業務形態や従業員数に応じて上記の機能の必要性を整理すると、導入後に

• 使わない機能が多い

• 不足している機能がある

といった問題を防げるでしょう。

みんなの補助金コンシェルジュでは、勤怠管理システム導入時の補助金申請を専門家がサポート！申請書作成や経費計上の範囲なども確認できます。

【無料】勤怠管理システム補助金の相談はこちら！

補助金を活用して導入コストを抑える

勤怠管理システムの導入には費用がかかりますが、

• デジタル化・AI導入補助金

• 地域の中小企業支援補助金

を活用することで、初期費用を大幅に抑えられる場合があります。

出典：中小企業成長加速化補助金のご案内

補助金を活用することで、クラウド型システムの導入コストを実質無料または半額程度にできるケースもあります。

補助金活用のポイントは？

対象かどうかを確認する

すべての勤怠管理システムが補助金対象ではありません。

クラウド型は補助金対象になりやすく、オンプレ型は条件が厳しい場合があります。

勤怠管理システム導入の目的を明確にする

• 効率化

• 業務改善

のために導入することを明確に申請書に記載する必要があります。

専門家に相談するとスムーズに申請可能です。

経費計上の範囲を確認する

出典：個人事業主が確定申告で費用（経費）にできるもの

システム導入費用だけでなく、

• サポート費用

• 初期設定費用

も補助金の対象になる場合があります。

事前に確認しておくと無駄なく活用できるでしょう。

勤怠管理システム導入時の注意点は？

勤怠管理システムの導入を検討する際、補助金を活用することで、

• 初期費用

• 運用コスト

を大幅に抑えられます。しかし、補助金には

• 申請期限

• 報告義務

• 併用制限

• 経費計上ルール

など、守るべきポイントがいくつかあります。

ここを押さえずに進めると、せっかくの補助金が

• 受けられない

• 返還を求められる

といったケースも出てきます。

以下に、具体的な注意点を解説します。

申請期限や報告義務を守る

補助金には申請期限が設定されており、期限を過ぎると申請自体が無効になります。勤怠管理システムは、

• クラウド型

• オンプレ型

ともに

• 導入準備

• 見積取得

• 社内稟議

などに時間がかかる場合があります。そのため、余裕を持って申請スケジュールを組んでください。

申請書の提出期限

期限を守らなければ補助金が不交付になるだけでなく、場合によっては過去に受けた補助金の返還を求められるリスクもあります。

実績報告の義務

補助金を受けた場合、勤怠管理システムの

• 導入状況

• 利用状況

について報告義務があります。

具体的には以下の項目が一般的です。

• 利用人数・利用状況の報告

• 導入したシステムの利用開始日

• システム費用の内訳や領収書の提出

報告を怠ると補助金の返還を求められることもあるため、導入開始時点から記録を残してください。

自己負担分の経費計上方法を確認する

補助金はすべての費用をカバーするわけではなく、多くの場合、自己負担分が発生します。

自己負担分も含めて正しく経費計上しなければ、

• 税務上

• 補助金申請上

でも不利益になることがあります。

経費計上の具体例

出典：家賃は経費計上できる？法人が社宅の家賃などを経費計上し節税する方法

システム導入費用

補助対象分と自己負担分を明確に分けて記帳する。

初期設定費用やカスタマイズ費用

出典：【2026最新】在庫管理システムを費用・料金で比較

補助対象外の場合は、自己負担分として経費計上。

サーバー管理費・保守費用

出典：販売管理費に保守料は含まれる？

補助金対象外の運用費用は別途経費計上。

ポイント

• 会計ソフトで補助金受給分と自己負担分を分けて管理

• 必要に応じて税理士や専門家に相談して計上方法を確認

• 領収書と契約書を保存し、自己負担費用と補助金対象費用を区分

複数補助金の併用可否を確認する

勤怠管理システムはデジタル化・AI導入補助金だけでなく、

• 働き方改革関連の補助金

• 自治体の中小企業支援補助金

の対象になる場合があります。

しかし、補助金によっては併用不可のルールがあるため、事前確認が必須です。

注意すべきポイント

• 同一費用に対して複数の補助金を申請できない場合がある

• デジタル化・AI導入補助金と自治体補助金の併用が認められるか

• 併用できる場合も、申請書や報告書に使用した補助金名を正確に記載

複数の補助金を利用したい場合は、専門家に相談することでミスを防ぎ、最大限活用できます。

補助金活用のメリットを最大化するために

上記の注意点を守ることで、補助金活用のメリットを最大化できるでしょう。

具体的には以下の効果が期待できます。

初期費用を大幅に削減可能

導入費用の半分以上が補助されるケースもあり、中小企業でも負担なく最新システムを導入可能。

導入リスクが軽減

申請期限や報告義務を守ることで、補助金不交付や返還リスクを回避。

自社運用の効率化

経費計上や併用ルールを正しく理解することで、補助金制度を無駄なく活用し、勤怠管理システムの運用効率を最大化。

勤怠管理システム×補助金FAQ

Q1→勤怠管理システム補助金は誰でも申請できますか？

A1→中小企業・小規模事業者が主な対象。条件は補助金種類により異なります。

Q2→補助金は費用の全額に使えますか？

A2→原則として費用の一部（補助率50〜75％程度）が対象で、上限額も決まっています。

Q3→申請書類は自分で作れますか？

A3→可能ですが、IT導入支援事業者や専門家に相談するとミスを防げます。

Q4→複数の補助金は併用できますか？

A4→原則不可。事前に確認する必要があります。

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