小規模事業者持続化補助金でECサイトは作れる？対象経費と採択のコツをわかりやすく解説！

ポイント

• 小規模事業者持続化補助金はECサイトの作成やリニューアルにも活用できる

• 補助対象になるのは販路拡大が目的のECサイト作成

• 小規模事業者持続化補助金は個人事業主も活用できる

小規模事業者持続化補助金はECサイトに活用できる？

小規模事業者持続化補助金は、ECサイトの作成やリニューアルにも活用できます。

EC（Electronic Commerce : 電子商取引）サイトは、わかりやすく言えば、Amazonや楽天市場のようにインターネット上で商品を直接販売するサイトのことです。

この補助金では、販路拡大や業務効率化（生産性向上）につながるWebサイト関連費が対象です。

たとえば、サイトのデザイン・構築費、商品ページの追加、決済・カート機能の導入、スマホ対応や多言語化などが含まれます。申請時には、ECサイトを活用して売上や効率をどう伸ばすかを示す事業計画書の作成が必要です。

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小規模事業者持続化補助金の概要

小規模事業者持続化補助金は、個人事業主や小規模な法人が行う販路開拓や業務効率化の取り組みを支援する制度です。

たとえば、新しい広告の展開や展示会への出展、業務改善のための機械導入、そして近年注目されているECサイトの制作なども補助対象になります。

【2026年度】小規模事業者持続化補助金はどうなる？

補助額/補助率※通常枠の場合

たとえば、75万円の事業費をかけた場合、そのうち50万円までが補助されるイメージです。※制度には複数の類型があり、取り組みに応じて上限額が引き上げられるケースもあります。

小規模事業者の定義（従業員数によって決まります）

※「常時使用する従業員数」には以下は含まれません。

• パート・アルバイトなど短時間労働者

• 会社役員（従業員と兼務していない場合）

この定義に当てはまる事業者であれば、法人・個人事業主を問わず申請可能です。ECサイト制作も販路開拓の一環として活用しやすいため、該当する事業者はこの制度を積極的に検討してみましょう。

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持続化補助金でECサイト作成する時の対象経費

これらの経費区分は、いずれも「販路拡大」や「生産性向上」といった、小規模事業者持続化補助金の目的に沿ったものです。

逆に言えば、対象になりそうでも、制度の趣旨に合っていなければ補助対象外になることもあります。

たとえば、パソコンの購入は「機械装置等費」に当てはまりそうですが、実際には注意が必要です。というのも、パソコンは新しい事業のために使われるとは限らないため、補助金の目的である「将来性・発展性のある取り組みの支援」に合わない場合があるからです。

補助対象かどうか判断するポイント

補助金の申請では、「なぜこの経費が必要か？」をしっかり説明することが重要です。

判断が難しい場合は、商工会や専門家に事前相談するのがおすすめです。

小規模事業者持続化補助金では、ECサイトの構築や改善にかかる費用が補助対象になります。

ECサイト作成費用は、ウェブサイト上で商品を売る仕組みになるので、経費区分上は「ウェブサイト関連費」に分類されます。

ただし、すべてのWeb関連費用が対象になるわけではなく、「販路開拓」や「業務効率化」に直接つながる内容に限られます。

以下に代表的な経費項目と、補助対象になりやすい例となりにくい例をわかりやすくまとめました。

サイト制作費（デザイン・コーディング）

写真撮影やライティング

決済機能・カート機能などの拡張

EC運用の広告費やSEO対策

補助対象外になりやすい費用もチェック！

このように、目的と経費の関係性がはっきりしているかどうかが採択のポイントです。少しでも不安な場合は、商工会・商工会議所、あるいは補助金サポートの専門家に事前相談するのが安心です。

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ECサイト制作に持続化補助金を申請する流れ

小規模事業者持続化補助金を活用してECサイトを制作するには、事前準備から事業実施、報告まで、いくつかのステップを踏む必要があります。

以下では、申請から補助金受取までの一連の流れをわかりやすく解説します。

ステップ1：商工会・商工会議所に相談する

申請前に、まずは事業所の所在地を管轄する商工会または商工会議所に相談しましょう。

この補助金は「伴走型支援」が特徴のひとつであり、商工会等のサポートが前提となっています。

提出書類の確認やアドバイスをもらうことで、採択の可能性も高まります。

ステップ2：経営計画書・補助事業計画書を作成する

申請には「経営計画書」と「補助事業計画書」の提出が必須です。ECサイトの制作を通じて、どのように販路を拡大し、売上や業務効率を高めるのかを、具体的かつ論理的にまとめましょう。

• 現状の課題（来店数の減少など）

• ECサイトを活用した解決策

• 期待できる成果（売上拡大、顧客層の拡大など）

ステップ3：見積もり書や証明書類を準備する

補助対象となる経費（例：ECサイト制作費、商品撮影費など）には、見積もり書や見積もり依頼書が必要です。

EC制作業者から複数の見積もりを取り、内訳が明確になっているものを提出しましょう。

また、法人の場合は「履歴事項全部証明書」、個人事業主の場合は「開業届」などの証明書類も必要です。

ステップ4：申請書類を提出する

必要書類がそろったら、商工会等の確認を受けた上で申請書類を提出します。

申請は「郵送」または「電子申請（jGrants）」で行います。締切日までに確実に手続きしましょう。

ステップ5：採択結果の通知と交付決定

申請後、審査を経て採択された場合は「交付決定通知書」が届きます。

※この通知が来る前に事業を始めてしまうと、補助対象外になるため要注意！

ステップ6：ECサイト制作の実施・支払い

交付決定後に、ECサイト制作や付随する業務（撮影・ライティングなど）をスタートします。

支払いは必ず銀行振込等で行い、領収書や振込明細を保管しておきましょう。

ステップ7：実績報告書を提出して補助金を受け取る

事業が完了したら、実績報告書・経費の証憑類・成果物などをまとめて提出します。

審査ののち、問題がなければ補助金が指定口座に振り込まれます。

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ECサイトに持続化補助金を活用する際の注意点

ECサイトの経費区分は「ウェブサイト関連費」です。

「ウェブサイト関連費」には他の経費にはない独自のルールがあるため、申請前にしっかり把握しておかないと、せっかくの申請が通らなかったり、補助額が想定より大幅に少なくなったりすることもあります。

ウェブサイト関連費に関する2つの制限

具体例で確認｜ECサイト構築に100万円かかった場合

例えば、以下のような取り組みを想定してみましょう。

• 自社のECサイトを新しく構築

• SEO対策にも力を入れて集客強化

• 全体の費用は100万円

これを「通常枠（補助上限50万円）」で申請したとします。

この場合の注意点

申請成功のポイントは以下の通りです。

• ECサイト制作以外にも、チラシ作成、展示会出展、商品撮影などの他の経費も含めて計画を立てる

• 費用配分を考慮し、ウェブサイト関連費に偏りすぎない構成にする

• 不明な点があれば、事前に商工会や専門家に相談する

ECサイトの制作にはお金も時間もかかるため、補助金の制度ルールを知らずに申請すると、「思ったより補助されなかった…」という結果にもなりかねません。

正しく理解し、上手に活用することで、補助金を味方にしたEC戦略が実現できます。

ウェブサイト関連費の注意点をわかりやすく解説！

持続化補助金でECサイトを申請するために必要な準備と書類

ECサイト制作に小規模事業者持続化補助金を活用するには、補助金の目的に沿ったしっかりした事業計画と、必要書類の準備が不可欠です。

ここでは、申請時に求められる主な準備と書類を解説します。

経営計画書（今後の販路開拓戦略）

補助金を申請するには、まず経営計画書の作成が必須です。

これは「今後どのように販路を広げていくのか」「どんな課題を解決していくのか」をまとめるもので、ECサイトを使った具体的な販路拡大戦略が求められます。

記載のポイント：

• 自社の強みと課題

• ターゲット市場や顧客像

• ECサイトによって期待される効果（売上拡大、新規顧客の獲得など）

補助事業計画書（具体的な内容・スケジュール）

次に作成するのが、補助事業計画書です。こちらは、ECサイト制作の内容やスケジュール、実施方法などを具体的に記載する書類です。

記載内容の例：

• ECサイト制作の目的と狙い

• 実施スケジュール（例：いつ着手し、いつ完成予定か）

• 業者との分担内容（自社で行うこと、外注すること）

• 成果の見込み（売上アップ、アクセス数増など）

見積もり書（EC制作業者からの）

補助金で申請する金額を算出するため、制作業者からの見積書が必要です。内容はできるだけ具体的に記載してもらいましょう（デザイン費、機能追加費、撮影費など項目を分けて）。

見積もり依頼書（業者とのやりとりの証明）

見積書とセットで提出が求められるのが見積依頼書です。これは「この業者に見積を依頼しました」という証拠になる書類で、公平性・透明性を確保するために必要とされています。

※1社だけでなく、2〜3社に依頼して比較するとより信頼性が高まります。

会社の履歴事項全部証明書（法人の場合）

法人で申請する場合は、法務局で取得できる履歴事項全部証明書（登記簿謄本）が必要です。

申請書類に記載した法人名や所在地が実在することの証明となります。

※発行から3ヶ月以内のものが有効です。
履歴事項全部証明書をPC・スマホから取り寄せる！
その他、必要に応じて提出が求められる書類は以下の通りです。

• 開業届（個人事業主の場合）

• 決算書または確定申告書の写し

• 商工会・商工会議所からの事業支援計画書

ECサイトの内容がしっかりしていても、書類に不備があると不採択の原因になります。書き方や内容に自信がない場合は、商工会・専門家のサポートを受けるのがおすすめです。

小規模事業者持続化補助金をECサイトに活用した事例

小規模事業者持続化補助金を使って、ECサイトを構築・活用し、売上の回復や新たな販路の開拓につなげた事例を2つご紹介します。実際に補助金を活用してどのような成果が出たのかを確認してみましょう。

事例1：地域密着の焼肉店が通販事業でV字回復

背景と課題

地域に根ざした焼肉店が、近隣に大型チェーンが出店したことで来店数が減少。テイクアウトにも挑戦しましたが、売上は前年比47％減と厳しい状況に。

補助金を活用した取り組み

• 自社商品（焼肉やタレ）をネット通販向けに商品開発

• EC機能付きのホームページを新たに制作

• PR効果を意識したデザインやプロモーションも併せて実施

得られた成果

• ブランディングとデザイン性が評価され、売上が回復

• 通販ノウハウを生かして、同業者向けコンサルティングの道も視野に

成功のポイント

市場には「焼肉専門店のタレ」に一定の需要があるという裏付けがあり、これを踏まえてEC展開した点が成功要因。

ただし、現在ではウェブサイト関連費のみでの申請は不可となっているため、補助金活用には＋αの取組（他の経費との組み合わせ）が必要です。

事例2：いちご農家がECと販促で観光農園から全国展開へ

背景と課題

品質に自信のあるいちごを作っていたものの、販路は卸売中心。観光客や一般消費者向けの売上を伸ばしたいという課題を抱えていました。

補助金を活用した取り組み

• 認知度アップのため、農園前にデザイン性の高い看板を設置

• EC機能付きのホームページを新たに作成し、季節ごとのおすすめ商品をランキング表示

• おしゃれなパッケージと紙袋を開発し、贈答用やお土産需要に対応

• 輸送に強いパッキング方法を導入し、空輸や海外発送も視野に

得られた成果

• 看板とWeb施策で、観光客だけでなく地元からの来訪も増加

• ECを通じた直販の売上が20％増加

• 海外にも販路を広げる可能性が生まれた

成功のポイント

もともとBtoBだった販路を、ECサイトを使ってBtoCに展開できた好例。

「いちご狩り」などの体験型コンテンツと連動させた情報発信が、ECとの相乗効果を生みました。

ECサイト活用時の注意点、申請前に知っておくべきこと

1.処分制限財産に該当する可能性

補助金で作ったECサイトの構築費が50万円以上になると、「処分制限財産」に指定され、5年間は勝手に閉鎖・譲渡ができなくなります。やむを得ずサイトを閉じる場合も、事務局の承認が必要です。

2.収益納付の対象になる可能性

ECサイトは商品販売という「直接的な利益」を生み出す手段のため、補助金制度上「収益納付」の対象になる可能性があります。
つまり、補助事業で得た利益の一部を返納する必要があるケースもあるため、申請前に確認しておきましょう。
※ブランディングや間接的な利益については返納の対象外です。

補助金を使ったECサイト構築には大きな可能性がありますが、ルールを理解せずに進めると損をしてしまう場合も。
成功事例を参考にしつつ、最新の制度内容に合わせて賢く活用することが大切です。

収益納付とは？申請前におさらいしましょう！

ECサイト作成に持続化補助金を活用する際の採択のコツ

単に「ECサイトを作りたい」と伝えるだけでは不十分で、補助金の目的や審査基準に沿った申請書作成が求められます。

ここでは、採択の可能性を高めるために押さえておきたい以下4つのコツを解説します。

1. 過去の採択事例を参考にする

2. 地域性・独自性を明確に伝える

3. 「課題→解決→期待効果」の流れでストーリーを組み立てる

4. ECサイトが「売上向上・販路拡大」にどう貢献するかを丁寧に説明

1. 過去の採択事例を参考にする

初めて申請する場合は、実際に採択された事例を参考にするのが近道です。

自治体や商工会議所のホームページ、経済産業省系の支援サイトなどで「採択結果」が公開されているので、自社に近い業種や事業形態の例を確認しましょう。

チェックすべきポイント：

• どんな取組が採択されているか（EC単体か複合的な取り組みか）

• 記載内容にどれくらいの具体性があるか

• 自社の計画に転用できるアイデアがないか

採択される申請書には、共通して「目的・手段・効果の一貫性」と「読み手への納得感」があります。

申請書の文章に自信がない場合は、商工会議所や認定支援機関のサポートを活用するのも一つの手です。

「プロのアドバイスを含めて書き方を教えてほしい」「書類の準備が不安」という方は、弊社にお任せください！

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2. 地域性・独自性を明確に伝える

ECサイトという性質上、全国どこでも通用する仕組みですが、地域性や自社ならではの強みが明確でないと、他社との差別化ができず、印象に残りにくくなります。
▼ 具体的な記載例：

• 「地元●●産の素材を活かした商品をオンラインで販売」

• 「観光地●●の知名度を活かした地域ブランド展開」

地元の特産品、地域課題の解決といった要素を盛り込むことで、審査員に伝わりやすくなります。

3. 「課題→解決→期待効果」の流れでストーリーを組み立てる

申請書では、現状の課題に対して、補助事業がどのように解決策となり、どんな効果が期待されるのかを一貫した流れで記述することが重要です。
例：

• 課題：競合の進出で来店数が減り、売上が落ち込んでいる

• 解決策：自社商品のEC販売を強化して、全国の顧客にアプローチ

• 期待効果：売上のV字回復と、顧客層の全国展開による安定収益の確保

この流れを押さえると、事業の必要性や妥当性がより説得力を持って伝わります。

4. ECサイトが「売上向上・販路拡大」にどう貢献するかを丁寧に説明

補助金の目的はあくまで「販路開拓等による経営の向上」。

そのため、ECサイトがどのように新規顧客の獲得や収益アップに繋がるのかを、数字や根拠を交えて具体的に示しましょう。

記載のポイント：

• 想定ターゲットや市場のニーズ（例：30代女性、健康志向など）

• 競合との差別化ポイント（例：無添加、地元ブランドなど）

• 売上や訪問数の見込み（簡易でも良いので数値で示す）

持続化補助金×ECサイトのよくある質問

小規模事業者持続化補助金を活用してECサイトを作りたい方から、よく寄せられる質問をまとめました。申請前の不安や疑問を解消しましょう。

Q. 個人事業主でも申請できますか？

A. はい、可能です。小規模事業者持続化補助金は、法人だけでなく個人事業主の方も対象です。

開業届を提出していれば申請できます。ただし、事業規模（従業員数など）が「小規模事業者」に該当する必要があります。

Q. ShopifyやBASEなどのサービスも対象になりますか？

A. はい、対象になるケースが多いです。Shopify、BASEなどのサービスを活用したECサイト構築・運用にかかる費用も、条件を満たせば補助対象となります。

たとえば、初期設定費用、デザインカスタマイズ、カート機能の実装、商品撮影・ライティングなどが対象になりやすい一方で、月額利用料などの継続的コストは対象外になる場合が多いです。

Q. 補助金をもらったら確定申告でどう扱えばいいですか？

A. 補助金は「雑収入」として課税対象になります。受け取った補助金は、事業所得とは別に「雑収入」として収入計上する必要があります。

確定申告の際は、経費と相殺して最終的な所得税額が計算されるため、補助金を受け取った年は税額が増える可能性がある点に注意しましょう。

Q. 補助金に返金義務はありますか？

A. 原則として返金の必要はありませんが、例外もあります。

補助金は基本的に返済不要ですが、以下のような場合には返還義務が生じることがあります：

• 補助対象経費を不正に使用した場合

• 補助事業を途中でやめた・報告を怠った場合

• 「収益納付」の対象になった場合（補助事業で得た利益が直接的すぎる場合）

特にECサイトは収益を直接生む可能性が高いため、「収益納付」制度に該当するかを事前に確認しておくと安心です。

このほかにも、補助対象になるか不安な経費や書類の書き方など、申請前に気になる点があれば、商工会・商工会議所や専門家に相談するのが安心です。

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