小規模事業者持続化補助金の採択後の流れは？入金時期も解説【2026年版】

ポイント

• 採択後に行うことは、交付申請・事業実施・実績報告・補助金請求など複数ある

• 補助金は後払いのため、実績報告と確定検査後に入金される

• 見積書や領収書などの証拠書類に不備があると、不交付になる可能性がある

小規模事業者持続化補助金の採択後の流れは？

参考：小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、採択決定通知を受け取った後、事業を実施し、実績報告、事業化情報報告を行います。

採択後の大まかな流れは、以下のとおりです。

1.        採択通知を受け取る

2.        マイページで通知内容や修正依頼を確認する

3.        見積書・相見積書などを提出する

4.        交付決定通知を受け取る

5.        契約・発注・支払いを行い、補助事業を実施する

6.        実績報告書と必要書類を提出する

7.        補助金額が確定し、請求後に入金される

8.        事業化状況報告を行う

「3.見積書・相見積書などを提出する」から詳細に解説します。

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見積書や相見積書を提出する

採択後は、見積書などの必要書類を提出します。これは、申請した経費が補助対象として適切か、金額が妥当かを確認するために必要な手続きです。

特に、以下に該当する場合は相見積が必要になります。

第19回公募では、2027年5月30日（日）までに見積書等の提出がない場合、採択取消しとなるため注意が必要です。

交付決定通知を受け取る

提出した見積書や申請内容が事務局に確認され、問題がなければ「交付決定通知書」が送付されます。

補助事業を正式に開始できるのは、この交付決定を受けた後です。

採択通知と交付決定通知は別のものです。採択されたからといって、すぐに発注・契約・支払いを行うと、その経費は補助対象外になる可能性があります。

採択発表から交付決定までは、一般的に1〜2か月程度かかることがあります。交付決定日を確認してから、契約や支払いを進めましょう。

契約・発注・支払いを行い、補助事業を実施する

交付決定を受けたら、申請した計画に沿って販路開拓や業務効率化の取組を実施します。

第19回公募の事業実施期限は、2027年6月30日（水）までです。この期限までに、契約・納品・支払いなどを完了させる必要があります。

事業を進める際は、以下の書類を必ず保管しておきましょう。

• 見積書

• 発注書

• 契約書

• 納品書

• 請求書

• 振込控え

• 領収書

• 成果物の写真

• チラシやホームページなどの制作物

これらの書類は、後の実績報告で必要になります。書類が不足していると、経費として認められない可能性があるため、支払いのたびに整理しておくことが重要です。

実績報告書と必要書類を提出する

補助事業が完了したら、実績報告書と経理書類を提出します。実績報告は、実際にどのような取組を行い、いくら支出したのかを事務局に報告する手続きです。

提出期限は、事業終了から30日以内、または最終期限である2027年7月10日（土）のいずれか早い日です。

実績報告では、主に以下の内容を提出します。

• 実績報告書

• 支出内容が分かる書類

• 支払いを証明する書類

• 補助事業の成果が分かる写真や資料

提出後、事務局による確認が行われます。不備がある場合は、修正や追加提出を求められることがあります。

補助金額が確定し、請求後に入金される

実績報告の確認が終わると、補助対象として認められた金額が確定します。その後、事務局から「補助金確定通知書」が送付されます。

確定通知を受け取ったら、補助金の請求手続きを行います。請求内容に問題がなければ、指定した口座に補助金が振り込まれます。

小規模事業者持続化補助金は、原則として後払いです。つまり、事業者が先に全額を支払い、後から補助対象分が入金される仕組みです。

そのため、採択された場合でも、事業実施に必要な資金は一時的に自社で用意しておく必要があります。

事業化状況報告を行う

事業化状況報告とは、補助事業終了後の成果や現在の状況を事務局へ報告する手続きです。

補助事業終了から1年後の状況について、事務局が指定する期限までに「事業効果等状況報告書（様式第14）」を提出する必要があります。

報告では、売上への効果や、賃金引上げ特例を利用した場合の実施状況などを報告します。

提出を怠ると、今後の補助金申請で減点や申請制限を受ける可能性があるため注意が必要です。また、再度持続化補助金を申請する場合は、この報告を完了していることが条件になります。

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小規模事業者持続化補助金の採択後に必要な書類は？

持続化補助金の採択後に必要な提出書類は、主に以下2つのタイミングで提出します。

• 交付決定を受ける前に提出する書類

• 事業終了後の実績報告で提出する書類

特に実績報告では、「支払いを証明できるか」が非常に重要です。

書類が不足していると補助対象外になる可能性もあるため、事業実施中から整理して保管しておきましょう。

交付決定を受けるために必要な書類

採択後は、まず「交付決定」を受けるための手続きを行います。交付決定とは、補助対象として正式に認められる手続きのことです。

この段階では、主に以下の書類が必要になります。

見積書（詳細内訳）

申請した経費が適正かを確認するため、詳細な内訳が記載された見積書を提出します。

「一式」だけの簡易見積では認められない場合もあるため、

• 商品名

• 数量

• 単価

• 作業内容

などが分かる形で作成してもらうことが重要です。

相見積書（2社以上の見積）

以下の場合は、2社以上から取得した相見積が必要になります。

• 1件100万円（税込）を超える発注

• 中古品を購入する場合

相見積が不足していると、経費として認められない可能性があるため注意しましょう。

修正した申請書類

採択時に、

• 記載内容の修正

• 不備の補足

• 経費内容の確認

などを求められることがあります。

その場合は、事務局の指示に従い、電子申請システム上で修正版を提出します。

その他の追加資料

事業内容によっては、追加資料の提出が必要になるケースもあります。

例えば、住宅宿泊事業者が改装工事を行う場合には、按分計算の根拠として平面図の提出を求められることがあります。

実績報告時に必要な書類

補助事業が完了した後は、「実績報告」を行います。

これは、

• 実際に何を実施したか

• いくら支払ったか

• どのような成果があったか

を事務局へ報告するための重要な手続きです。

主な提出書類は、以下のとおりです。

実績報告書（様式第8）

実績報告書は、補助事業の内容や成果をまとめる公式書類です。

• どのような取組を行ったか

• どのような成果があったか

• 実際にいくら支払ったか

などを記載します。

契約・発注・納品に関する資料

実績報告では、取引の流れを確認できる資料が必要です。

主に以下のような書類を提出します。

• 見積書

• 発注書

• 契約書

• 納品書

• 請求書

これらの書類に不備があると、補助対象外となる可能性があります。

支払いを証明する書類

補助金では、「実際に支払ったこと」を証明する必要があります。

主な書類は以下です。

• 銀行振込の控え

• 通帳コピー

• 領収書

なお、原則として銀行振込が推奨されています。

写真や成果物

補助事業を実施した証拠として、写真や成果物も必要になります。

例えば、

• 導入設備の写真

• チラシ・パンフレット

• ホームページの画面キャプチャ

などが該当します。

特に設備導入の場合は、「設置前」「設置後」の両方を撮影しておくと安心です。

特例を利用する場合は追加書類が必要

賃金引上げ特例やインボイス特例を利用する場合は、通常より多くの書類提出が必要になります。

賃金引上げ特例

賃上げを実施したことを確認するため、以下の書類が必要です。

• 賃金台帳

• 労働条件通知書

• 就業規則（必要に応じて）

インボイス特例

適格請求書発行事業者として登録したことを証明するため、登録通知書の写しを提出します。

高額設備を導入した場合は管理台帳が必要

単価50万円（税抜）以上の設備を導入した場合は、「取得財産等管理台帳」を作成する必要があります。

対象設備を適切に管理し、勝手に処分していないかを確認するためです。

補助事業に関する書類は、提出して終わりではありません。

見積書や領収書などの関係書類は、事業終了後も一定期間保存する義務があります。

後から確認を求められる場合もあるため、ファイルやクラウドなどで整理して保管しておきましょう。

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小規模事業者持続化補助金の入金時期はいつ？

持続化補助金では申請から入金までは、およそ1年以上かかります。

第19回公募（2026年実施）のスケジュールを例に挙げると、以下のような流れになります。

2026年4月30日：申請締切

2026年7月頃：採択発表（審査結果の通知）

2026年8月〜9月頃：交付決定（事務局の精査を経て、ようやく事業が開始できる日）

2027年6月30日：補助事業の実施期限（この日までにすべての支払いを終える）

2027年7月10日：実績報告書の提出期限

2027年夏以降：事務局による確定検査、補助金額の確定通知、そして事業者による請求を経て入金

このように、2026年4月の申請から数えて、実際に入金されるのは2027年の夏以降となる見込みです。

小規模事業者持続化補助金の採択後の注意点は？

小規模事業者持続化補助金は、採択後の手続きや経理処理に不備があると、補助金が支払われない場合があります。特に以下の点に注意しましょう。

1. 交付決定前に契約・購入しない

採択通知を受け取っても、すぐに契約・発注してはいけません。

補助対象となるのは、「交付決定通知書」に記載された交付決定日以降の支出のみです。

以下を交付決定前に行うと、原則として補助対象外となります。

• 発注

• 契約

• 購入

• 支払い

また、第19回公募では、2027年5月30日（日）までに見積書等を提出しないと、採択取消しとなるため注意が必要です。

2. 支払い方法のルールを守る

補助金では、支払い方法にもルールがあります。

特に、従業員や家族による立替払いは、補助対象外になる可能性があります。

3. 実績報告の期限を守る

補助金を受け取るには、事業終了後の「実績報告」と、1年後の「事業化状況報告」の両方が必要です。

実績報告書（事業終了時）

補助事業終了後は、実績報告書（様式第8）と証拠書類を提出します。

第19回公募では、以下のいずれか早い日までに提出が必要です。

• 事業終了日から30日以内

• 2027年7月10日（土）

期限を過ぎると、補助金が支払われない可能性があるため注意しましょう。

事業化状況報告（事業終了の1年後）

補助事業終了から1年後には、「事業効果等状況報告（様式第14）」を提出する必要があります。

売上への効果や、賃金引上げ特例の実施状況などを報告します。

提出を怠ると、今後の補助金申請で減点や申請制限を受ける可能性があるため、忘れず対応しましょう。

4. 高額設備には処分制限がある

単価50万円（税抜）以上の設備などは、「処分制限財産」となる場合があります。

一定期間は、事務局の承認なしに売却・廃棄できません。

5. 書類は5年間保存する

見積書・領収書・通帳コピーなどの関係書類は、事業終了後も5年間保存する必要があります。

後から確認を求められる場合もあるため、整理して保管しておきましょう。

6. 補助金は課税対象になる

補助金は原則として課税対象です。

法人は法人税、個人事業主は所得税の対象となるため、税務処理にも注意しましょう。

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