【最新】勤怠管理システムの補助金｜対象者・申請手順・注意点

本コラムのポイントは3つです

• 勤怠管理システムに活用できる制度は、国・自治体などで異なる

• 制度ごとに対象者・対象経費・補助率・申請条件を確認する必要がある

• 交付決定前の契約・発注・支払いが対象外となる制度があるため、申請前の確認が大切

勤怠管理システム導入で使える補助金には何がある？

勤怠管理システムの導入に利用できる補助制度は、ひとつの勤怠管理システム補助金という名称で統一されているわけではありません。国や自治体などが実施する制度のうち、対象となる

• 経費

• ITツール

• 導入目的

などの条件を満たすものを活用できます。

代表的な制度として、以下があります。

• 自治体独自の補助制度→地域の中小企業の業務効率化やIT導入などを支援する制度

  デジタル化・AI導入補助金2026→中小企業・小規模事業者のITツール導入を支援する制度

• 働き方改革推進支援助成金→労働時間の削減や年次有給休暇の取得促進など、働き方改革に取り組む中小企業を支援する制度

制度によって対象となる

• 経費

• 補助率

• 上限額

• 事業者

• 申請時期

などが異なるため、自社が利用できる制度の公募要領を確認することが大切です。

参考：働き方改革推進支援助成金について

みんなの補助金コンシェルジュでは、勤怠管理システム導入にかかる補助金の申請サポートも行っています。

「申請書作成を任せたい」「経費計上の範囲を確認したい」などお気軽にご相談ください。

【無料】勤怠管理システム補助金の相談はこちら！

デジタル化・AI導入補助金

デジタル化・AI導入補助金は、

• 中小企業

• 小規模事業者

がITツールを導入する際に、その費用の一部を国が補助する制度です。勤怠管理システムも対象となる場合が多く、

• クラウド型の勤怠管理システム

• 従業員管理機能のあるソフトウェア

が補助対象に含まれます。

対象となる事業者は誰？

デジタル化・AI導入補助金2026の対象事業者は？

デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠は、中小企業・小規模事業者などが対象です。ただし、対象となる

• 業種

• 資本金

• 従業員数

などの要件があります。法人・個人事業主の別だけで判断せず、2026年度の公募要領で自社が対象となるか確認してください。

出典：中小企業基本法 - Wikipedia

参考：中小企業基本法について

【あわせて読みたい！】勤怠管理システムランキング2026年版！比較と選び方ガイド

補助率と上限額はいくら？

デジタル化・AI導入補助金2026の申請の流れは？

デジタル化・AI導入補助金2026を利用する場合は、申請前の準備から実績報告まで、制度で定められた手順に沿って進める必要があります。

①公募要領と対象要件を確認する

• 自社が対象事業者に該当するか

• 導入予定の勤怠管理システムが対象となるか

を確認してください。

②GビズIDプライムなど必要な事前準備を行う

申請に必要となる

• 手続き

• アカウント

を早めに準備しましょう。

③登録済みITツールとIT導入支援事業者を確認する

デジタル化・AI導入補助金2026では、登録された

• ITツール

• IT導入支援事業者

を利用して申請するという仕組みです。

導入予定の勤怠管理システムが対象か確認してください。

④交付申請を行う

• 必要書類

• 事業計画

などを準備し、申請してください。

⑤交付決定後に契約・導入する

交付決定前に契約・発注・支払いなどを行うと、補助対象外となる場合があるため、必ず公募要領を確認してください。

⑥実績報告・補助金の受給

ITツールの導入後、必要な実績報告を行い、補助金額の確定後に補助金が交付されます。

参考：【公式】IT導入補助金について

働き方改革推進支援助成金

働き方改革推進支援助成金は、

• 時間外労働の削減

• 年次有給休暇の取得促進

など、働き方の改善に取り組む中小企業事業主を支援する助成金です。2026年度も複数のコースが設けられており、コースによって対象となる

• 取組

• 成果目標

• 助成上限額

などが異なります。勤怠管理システムの導入についても、選択する

• コース

• 改善事業

の内容によって対象となる可能性があります。

出典：【最大250万円】働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）を徹底解説

特徴

• コースによって成果目標や対象となる取組が異なる

• 勤怠管理システムの導入だけで対象になるとは限らない

• 助成率・助成上限額はコースや取組内容によって異なる

例えば2026年度の労働時間短縮・年休促進支援コースでは、成果目標の達成を目指して改善事業を実施し、対象経費に対して原則3/4を乗じた額など、一定の条件に基づいて助成額が決まります。

常時使用する労働者数が30人以下の場合などには、4/5となるケースもあります。

参考：雇用・労働「働き方改革」の実現に向けて

自治体独自のIT導入・業務効率化関連制度

国の制度だけでなく、自治体が独自に

• IT導入

• 業務効率化

を支援する制度を設けている場合があります。ただし、

• 対象者

• 補助率

• 上限額

• 申請時期

• 対象経費

• 制度の有無

などは自治体ごとに異なります。自治体の制度を利用する場合は、所在地の

• 自治体

• 商工会議所

などの公式情報を確認し、最新の公募要領に沿って申請してください。

参考：労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン

勤怠管理システム導入で補助金を使うメリットは？

対象経費の負担を軽減できる場合がある

補助金・助成金を利用できれば、制度上の対象となる経費について導入費用の負担を軽減できる場合があります。ただし、

• 保守費用

• クラウド利用料

• 初期設定費用

などが対象になるかは、

• 制度

• 申請枠

• 利用期間

• 対象ITツール

などによって異なります。

申請前に公募要領を確認してください。

導入費用の負担を抑えられる場合がある

補助金・助成金を活用できれば、対象となる経費の一部について負担を軽減できます。

ただし、補助対象外となる経費もあるため、制度の条件を確認したうえで導入計画を立てましょう。

出典：働き方改革-職種別医療行為の見える化

勤怠管理システムを導入することで、労働時間の

• 適正管理

• 残業削減

につながり、法令違反リスクを軽減可能です。

専門家への相談で申請準備をサポート

• 社労士

• IT導入支援事業者

などに相談することで、制度要件に沿った

• 書類準備

• 申請上の不備防止

について支援を受けられる場合があります。ただし、専門家への相談によって

• 補助率

• 採択・交付額

が高くなることが保証されるわけではありません。

みんなの補助金コンシェルジュでは、勤怠管理システム導入補助金の申請に関する疑問や手続きの不安を専門家が丁寧にサポートします。

【無料】勤怠管理システム補助金の申請サポートはこちら！

勤怠管理システム補助金申請時の注意点は？

申請期限に注意

補助金には年度ごとの締め切りがあるため、事前に計画的に準備してください。

対象ツールを確認する

勤怠管理システムが補助金対象であることを、

• 自治体

• IT導入支援事業者

に確認しましょう。

補助金交付後に報告義務がある場合がある

• 導入効果の報告

• 経費明細の提出

が求められるケースもあります。

複数補助金の併用に注意

補助金によっては併用不可の場合があるため、事前確認が必須です。

補助金活用時の勤怠管理システム導入の流れ・まとめ

①利用できる制度を確認

• 自治体独自制度

• 働き方改革推進支援助成金

• デジタル化・AI導入補助金2026

などから、自社が利用できる可能性のある制度を確認します。

②対象者・対象経費・対象ツールを確認

• 自社が対象事業者に該当するか

• 導入予定の勤怠管理システムが対象か

公募要領で確認しましょう。

③申請前の準備を行う

GビズIDプライムなど必要な

• アカウント

• 必要書類

• 事業計画

などを準備します。

④交付申請を行う

公募期間内に必要書類をそろえて申請しましょう。

⑤交付決定後に契約・発注・導入

交付決定前に

• 契約

• 発注

• 支払い

を行わないよう注意してください。

⑥実績報告・補助金の受給

導入後、必要な実績報告を行い、補助金・助成金の交付を受けます。

勤怠管理システム補助金とは？

勤怠管理システム補助金という単一の制度があるわけではありません。

勤怠管理システムの導入に利用できる可能性がある制度として、2026年度は

• 働き方改革推進支援助成金

• 自治体独自のIT導入支援制度

• デジタル化・AI導入補助金2026

などがあります。どの制度を利用できるかは、

• 所在地

• 導入目的

• 事業者の規模

• 導入するシステム

などによって異なります。

デジタル化・AI導入補助金2026（通常枠）

デジタル化・AI導入補助金2026は、

• 中小企業

• 小規模事業者

などのITツール導入を支援する制度です。

勤怠管理などの業務効率化に活用できるITツールが登録されている場合があります。通常枠では、1プロセス以上のITツールは

• 補助額5万円以上150万円未満

• 4プロセス以上では150万円以上450万円以下

で、補助率は原則1/2以内です。

一定の賃金要件を満たす場合など、2/3以内となるケースもあります。

ただし、勤怠管理システムであれば自動的に対象になるわけではありません。

• 導入するITツールが登録されているか

• 申請する枠の対象経費に該当するか

を確認してください。

出典：Web打刻ができる勤怠管理システム11選

地域の中小企業支援補助金

• 各自治体

• 商工会議所

が独自に実施している補助金で、中小企業の

• IT導入

• 業務効率化

を支援するものです。国のIT導入補助金と比べると補助額は少なめですが、審査が通りやすいケースが多いです。

勤怠管理システムの導入対象・条件は？

勤怠管理システムを対象とする補助制度でも、対象となる

• 経費

• 事業者

• 導入目的

などの条件は制度によって異なります。

申請前に各制度の公募要領を確認しましょう。

勤怠管理システム補助金を利用できる条件の目安は以下のとおりです。

中小企業・小規模事業者が対象

中小企業基本法に基づく中小企業、または資本金・従業員数の条件を満たす小規模事業者。

法人だけでなく個人事業主も対象となる場合があります。

対象経費は制度ごとに確認する

出典：勤怠管理システムの費用はどのくらい？

補助対象となる経費は、

• 制度

• 申請枠

によって異なります。デジタル化・AI導入補助金2026では、申請枠ごとに対象となる経費が定められています。勤怠管理システムを導入する場合も、

• どの費用が補助対象になるか

• 導入するITツールが対象となるか

を公募要領などで確認する必要があります。

勤怠管理システムに活用できる制度の補助率・上限額

補助率・上限額は制度や年度、申請枠によって異なるため、一律の目安で比較するのは適切ではありません。2026年度の代表的な制度について、確認できる範囲を整理すると以下のとおりです。

デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠は、

• 1プロセス以上で5万円以上150万円未満

• 4プロセス以上で150万円以上450万円以下

です。働き方改革推進支援助成金は、

• コース

• 成果目標

によって助成上限額などが異なります。2026年度の労働時間短縮・年休促進支援コースでは、対象経費に原則3/4を乗じた額などにより助成額が決まります。

自社に合った勤怠管理システムの選び方

勤怠管理システムは、

• 従業員数

• 勤務形態

• 必要な機能

によって適した製品が異なります。

• シフト管理

• 休暇申請

• 多拠点管理

• 出退勤の打刻方法

• 給与計算システムとの連携

など、自社に必要な機能を整理してから製品を比較しましょう。補助金を利用する場合は、

• 機能

• 価格

だけでなく、申請する制度の対象ITツールとして登録されているかも確認してください。

補助金対象になる勤怠管理システムを選ぶときの確認ポイント

補助金を利用する場合はシステムの機能だけでなく、申請する制度の対象ITツールであるかを確認してください。特にデジタル化・AI導入補助金2026では、登録されたITツールが申請対象となるため、導入予定のシステムが登録されているかを事前に確認しましょう。

また、対象となる経費や利用期間についても制度ごとに条件があります。

クラウド型・オンプレ型の違いと補助金対応

勤怠管理システムには大きく分けて

• クラウド型

• オンプレ型

があります。

クラウド型

インターネットを通じてサービスを利用する形態です。導入コストが比較的低く、

• メンテナンス

• ソフトウェアの更新

が自動で行われるサービスもあります。

ただし、クラウド型であることだけを理由に補助対象になるわけではありません。対象となるかは、

• 制度

• 申請枠

• 対象経費

• 利用期間

• 登録されているITツール

などを確認する必要があります。

オンプレ型

出典：オンプレミス型とはどのようなシステム？

自社サーバーにソフトウェアをインストールして運用する形態です。

初期費用は高めですが、社内データのセキュリティを重視する場合に有利です。

ただし、補助金の対象になるかは、システムの

• 費用規模

• 導入目的

によって異なるため、事前に確認してください。クラウド型・オンプレミス型のどちらが対象となるかは、

• 制度

• 申請枠

• 対象ITツール

などによって異なります。導入形態だけで対象可否を判断せず、申請する制度の公募要領を確認してください。

自社に合った勤怠管理システムの選び方は？

勤怠管理システムを選ぶ際は、自社の

• 業務規模

• 従業員数

• 管理業務の複雑さ

を基準にすることがおすすめです。

たとえば、シンプルな勤務時間管理だけで十分な場合は、基本機能が備わったクラウド型システムで十分でしょう。一方、

• 複雑なシフト管理

• 給与計算との連携

• 多拠点での勤怠集計

が必要な場合は、機能が充実したシステムを選んでください。

また、導入後に操作が簡単で、従業員が使いやすいこともポイントです。操作が難しいと、

• 申請の遅延

• 勤怠データの入力ミス

が発生し、補助金申請後の報告に影響する場合があります。

勤怠管理システム活用の注意点は？

勤怠管理システム補助金を利用する際には、いくつか注意点があります。

申請期限や事後報告の義務

補助金には申請期限が設定されており、期限を過ぎると申請できません。また、導入後は

• 使用状況

• 導入効果

の報告書提出が義務付けられる場合があります。

報告が遅れると、補助金の返還を求められることもあるため注意してください。

導入後の会計・税務処理に注意

補助金を受けた設備やソフトウェアについて、補助金額を差し引いた自己負担額だけを一律に経費として扱えるとは限りません。

• 資産計上の要否

• 圧縮記帳の可否

• 補助金の受領時期

などによって処理が変わる場合があるため、具体的な

• 会計

• 税務処理

については税理士または所管官庁に確認してください。

勤怠管理システム×補助金に関するFAQ

Q1. 勤怠管理システムの補助金はどんな会社でも申請できますか？

A1. いいえ。対象事業者の範囲は制度ごとに異なります。中小企業・小規模事業者が対象となる制度でも、

• 業種

• 規模

などの要件が設定されている場合があります。

Q2. 補助金は導入費用の全額に使えますか？

A2. 原則として全額補助ではありません。ただし、

• 補助率

• 上限額

• 対象経費

は制度と

• 年度

• 申請枠

によって異なります。

Q3. 申請書類は自社だけで作れますか？

A3. 制度によって申請方法や必要書類が異なります。必要に応じて

• 専門家

• IT導入支援事業者

などに相談し、

• 要件

• 書類の不備

を確認してもらうことも可能です。

Q4. 補助金の申請前に勤怠管理システムを契約してもいいですか？

A4. 制度によっては、交付決定前の

• 契約

• 発注

• 支払い

などが補助対象外となります。

• 契約

• 導入

を進める前に、必ず利用する制度の公募要領を確認してください。

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