勤怠管理システム導入で使える補助金完全ガイド

本コラムのポイント3つ

• 申請手順と条件の確認が成功のカギ

• 勤怠管理システム導入には補助金活用が有効

• 自社に合ったシステム選びと活用で効果最大化

勤怠管理システム導入で使える補助金には何がある？

勤怠管理システムの導入は、従業員の

• 残業管理

• 労働時間管理

• 働き方改革対応

に欠かせないツールです。しかし、

• クラウド利用料

• 初期導入費用

などのコストは中小企業にとって負担が大きく、導入をためらうケースも多いです。そんな中、

• 国

• 自治体

が提供する補助金を活用することで、コストを大幅に抑えながら導入することが可能です。代表的な補助金は主に、

• 働き方改革関連補助金

• デジタル化・AI導入補助金

です。それぞれ特徴や対象範囲が異なるため、自社の状況に合った補助金を選んでください。

参考：働き方改革推進支援助成金について

みんなの補助金コンシェルジュでは、勤怠管理システム導入にかかる補助金の申請サポートも行っています。

「申請書作成を任せたい」「経費計上の範囲を確認したい」などお気軽にご相談ください。

【無料】勤怠管理システム補助金の相談はこちら！

デジタル化・AI導入補助金

出典：デジタル化・AI導入補助金（採択実績2900件以上）

デジタル化・AI導入補助金は、

• 中小企業

• 小規模事業者

がITツールを導入する際に、その費用の一部を国が補助する制度です。

勤怠管理システムも対象となる場合が多く、

• クラウド型の勤怠管理システム

• 従業員管理機能のあるソフトウェア

が補助対象に含まれます。

対象となる事業者は誰？

• 法人・個人事業主どちらも申請可能

• 業種によって資本金や従業員数の上限が異なる

• 中小企業基本法で定められた中小企業・小規模事業者

出典：中小企業基本法 - Wikipedia

参考：中小企業基本法について

補助率と上限額はいくら？

• 中小企業の場合、導入費用の1/2〜2/3が補助対象

• 上限額は450万円〜750万円程度（ツールや申請枠による）

• 初期導入費用だけでなく、クラウド利用料や保守費用も一部対象になる場合あり

申請の流れは？

出典：勤怠管理システムの機能を従業員・管理者視点

IT導入支援事業者を選ぶ

導入するシステムが補助金対象であることを確認

申請書を作成する

• 導入目的

• 費用見積もり

• システム内容

などを記載する。

補助金の交付決定後に契約・導入

導入後に実績報告をする。

補助金交付額の確定と支給

参考：【公式】IT導入補助金について

働き方改革関連補助金

出典：働き方改革推進支援助成金のご案内

働き方改革関連の補助金も、勤怠管理システムの導入に活用できます。特に、

• 労働生産性向上

• 時間外労働の削減

を目的としたITツール導入が補助対象です。

特徴

出典：【最大250万円】働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）を徹底解説

上限額は100万円〜150万円程度で比較的小規模向け

中小企業が対象のケースが多く、補助率は費用の2/3程度

勤怠管理システムを導入し、従業員の労働時間を適正に管理することで補助対象となる

申請のポイント

• 労務管理の現状と課題を明確にする

• システム導入後は、労働時間削減の報告を提出する場合がある

• 導入後の効果（残業削減、生産性向上など）を申請書で具体的に示す

参考：雇用・労働「働き方改革」の実現に向けて

地域独自の中小企業支援補助金

出典：中小企業成長加速化補助金 100億宣言とは？

全国の自治体や商工会議所でも、中小企業のIT導入を支援する補助金が用意されている場合があります。

地域によっては、勤怠管理システムの導入費用を部分的に補助してくれるケースもあります。

例）

• 市町村が提供する中小企業IT支援補助金

• 商工会議所が実施する業務効率化補助金

• 自治体独自のクラウドツール導入支援補助金

メリット

• 国の補助金に比べて審査が緩やか

• 小規模事業者向けの少額補助でも利用しやすい

• IT導入支援事業者のアドバイスを受けながら申請可能

参考：労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン

勤怠管理システム導入で補助金を使うメリットは？

初期導入費用を抑えられる

• クラウド利用料

• システム購入費

の一部が補助されるため、キャッシュアウトを大幅に削減可能。

出典：SaaS,PaaS,IaaSとは？クラウドサービス定義の違い

導入ハードルが低くなる

補助金を活用すれば、費用負担を気にせず最新の勤怠管理システムを導入できます。

業務効率化と法令順守が同時に進む

出典：働き方改革-職種別医療行為の見える化

勤怠管理システムを導入することで、労働時間の

• 適正管理

• 残業削減

につながり、法令違反リスクを軽減可能です。

専門家への相談で申請も安心

• 社労士

• IT導入支援事業者

に相談すれば、

• 申請書類

• 必要情報

の不備を防ぎ、補助金交付率を高められます。

みんなの補助金コンシェルジュでは、勤怠管理システム導入補助金の申請に関する疑問や手続きの不安を専門家が丁寧にサポートします。

【無料】勤怠管理システム補助金の申請サポートはこちら！

勤怠管理システム補助金申請時の注意点は？

申請期限に注意

補助金には年度ごとの締め切りがあるため、事前に計画的に準備してください。

対象ツールを確認する

勤怠管理システムが補助金対象であることを、IT導入支援事業者や自治体に確認しましょう。

補助金交付後に報告義務がある場合がある

• 導入効果の報告

• 経費明細の提出

が求められるケースもあります。

出典：経費明細に入力する – ヘルプ

複数補助金の併用に注意

補助金によっては併用不可の場合があるため、事前確認が必須です。

補助金活用時の勤怠管理システム導入の流れ・まとめ

補助金対象か確認する

• 地域補助金

• 働き方改革関連補助金

• デジタル化・AI導入補助金

のいずれかで、自社の勤怠管理システムが対象か確認しましょう。

導入計画を作成する

導入の

• 目的

• 費用

• 効果

を整理してください。

申請書に必要な資料を準備する

• 見積書

• システム仕様書

を用意しましょう。

IT導入支援事業者と契約する

• クラウド契約

• システム購入

の手順を確認してください。

補助金申請

申請書提出後、交付決定を待ちます。

システム導入・運用開始

導入後は、

• 残業削減

• 労働時間管理

などの実績を記録してください。

補助金実績報告

必要に応じて経費や効果の報告を行ってください。

出典：実績報告書の作成から提出までの流れ

勤怠管理システム補助金とは？

勤怠管理システム補助金とは、

• 中小企業

• 小規模事業者

が勤怠管理システム（労働時間管理やシフト管理、残業管理などのITツール）を導入する際の費用の一部を国や自治体が補助してくれる制度です。

具体的には以下のような補助金があります。

デジタル化・AI導入補助金

経済産業省が運営する補助金で、

• 中小企業

• 小規模事業者

が、

• 業務効率化

• 生産性向上

のためにITツールを導入する際に活用できます。

勤怠管理システムは対象ツールに含まれており、

• クラウド型

• サーバー型

のシステムも対象です。

出典：Web打刻ができる勤怠管理システム11選

地域の中小企業支援補助金

• 各自治体

• 商工会議所

が独自に実施している補助金で、中小企業の

• IT導入

• 業務効率化

を支援するものです。国のIT導入補助金と比べると補助額は少なめですが、審査が通りやすいケースが多いです。

勤怠管理システムの導入対象・条件は？

勤怠管理システム補助金を利用できる条件の目安は以下のとおりです。

中小企業・小規模事業者が対象

出典：補助金等で目にする「中小企業」

中小企業基本法に基づく中小企業、または資本金・従業員数の条件を満たす小規模事業者。

法人だけでなく個人事業主も対象となる場合があります。

一定規模以上のシステム費用が対象

出典：勤怠管理システムの費用はどのくらい？

• 初期設定費用

• クラウド利用料

• システム導入費用

が補助対象です。

• 低額のサービス

• 無料の簡易勤怠ツール

は補助対象外になる場合があります。

導入目的が明確

• 法令順守

• 残業削減

• 生産性向上

などの明確な目的があること。

補助金申請書では、

• 業務改善の内容

• 導入効果の見込み

を示す必要があります。

勤怠管理システム補助金の補助率・上限額の目安は？

補助金によって

• 補助率

• 上限額

は異なりますが、一般的な目安は以下のとおりです。

補助金を利用する場合、自己負担分も発生しますが、初期導入費用を大幅に抑えられるため、中小企業でも最新の勤怠管理システムを導入しやすくなります。

ポイント

• 補助金申請には導入目的や費用見積もりの明示が必須

• 自社が中小企業かどうか、補助金対象かを事前に確認する

• 国の補助金と自治体補助金は併用できない場合があるので注意

勤怠管理システムの選び方と補助金活用のポイント

前述のとおり、勤怠管理システムは従業員の

• 出勤・退勤管理

• 残業時間の把握

など、企業の労務管理を効率化する重要なツールです。

しかし、中小企業にとって導入費用は決して安くありません。

そんな中、国や自治体が提供する補助金制度を活用すれば、導入コストの一部を軽減することが可能です。

中小企業や小規模事業者にとって、勤怠管理システムの導入は業務効率化や労務管理の精度向上に直結するでしょう。

ここでは、勤怠管理システムの選び方と補助金の種類、さらに導入後の注意点までを詳しく解説します。

補助金対象になる勤怠管理システムの特徴

補助金の対象となる勤怠管理システムにはいくつかの共通した特徴があります。まず、

• 勤務管理

• 休暇申請

• 労働時間の自動集計

などの基本機能が備わっていることが重要です。

また、クラウド型・オンプレミス型のどちらであっても、一定規模の

• 導入費用

• システムライセンス料

が補助対象になる場合があります。さらに、補助金申請時には、導入によって

• 業務効率化

• 生産性向上

が見込まれることを証明できるシステムが望ましいです。

たとえば、勤怠管理データを基にした

• 労務コストの見える化

• 残業時間の削減効果

など、具体的な改善効果を示せるシステムは補助金の審査でも有利です。

クラウド型・オンプレ型の違いと補助金対応

勤怠管理システムには大きく分けて

• クラウド型

• オンプレ型

があります。

クラウド型

インターネットを通じてサービスを利用する形態です。導入コストが比較的低く、

• メンテナンス

• ソフトウェアの更新

も自動で行われます。多くの

• IT導入補助金

• 自治体補助金

ではクラウド型システムの導入費用が対象になりやすく、初めて導入する企業にも適しています。

オンプレ型

出典：オンプレミス型とはどのようなシステム？

自社サーバーにソフトウェアをインストールして運用する形態です。

初期費用は高めですが、社内データのセキュリティを重視する場合に有利です。

ただし、補助金の対象になるかは、システムの

• 費用規模

• 導入目的

によって異なるため、事前に確認してください。

どちらの形式も補助金の対象になる場合がありますが、クラウド型は手続きが簡単で中小企業に適しているケースが多い傾向があります。

自社に合った勤怠管理システムの選び方は？

勤怠管理システムを選ぶ際は、自社の

• 業務規模

• 従業員数

• 管理業務の複雑さ

を基準にすることがおすすめです。

たとえば、シンプルな勤務時間管理だけで十分な場合は、基本機能が備わったクラウド型システムで十分でしょう。一方、

• 複雑なシフト管理

• 給与計算との連携

• 多拠点での勤怠集計

が必要な場合は、機能が充実したシステムを選んでください。

また、導入後に操作が簡単で、従業員が使いやすいこともポイントです。操作が難しいと、

• 申請の遅延

• 勤怠データの入力ミス

が発生し、補助金申請後の報告に影響する場合があります。

勤怠管理システム活用の注意点は？

勤怠管理システム補助金を利用する際には、いくつか注意点があります。

申請期限や事後報告の義務

補助金には申請期限が設定されており、期限を過ぎると申請できません。また、導入後は

• 使用状況

• 導入効果

の報告書提出が義務付けられる場合があります。

報告が遅れると、補助金の返還を求められることもあるため注意してください。

導入後の費用の経費計上方法

システム導入費用は、補助金で支払われた分を差し引いた自己負担額を経費として計上しましょう。

クラウド型の場合は利用料も補助対象になることがあり、会計処理の方法を事前に確認してください。

複数補助金の併用可否

• 地方自治体の補助金

• デジタル化・AI導入補助金

など、複数の補助金を同時に使えるかどうかは制度によって異なります。

原則として重複して補助を受けられない場合が多いため、申請前に条件を確認しておきましょう。勤怠管理システムの導入は、

• 労務管理

• 業務効率化

の正確化に大きく寄与します。

補助金を活用することで、初期費用や運用コストを抑えながらスムーズに導入できます。

自社に合ったシステムを選び、補助金の条件や報告義務をしっかり確認することが、導入成功のカギです。

勤怠管理システム×補助金に関するFAQ

Q1→勤怠管理システム補助金はどんな会社でも申請できますか？

A1→中小企業や一定規模の事業者が主な対象ですが、条件は補助金の種類によって異なります。

Q2→補助金は導入費用の全額に使えますか？

A2→原則、費用の一部（補助率50〜75％程度）が対象です。上限額も決まっています。

Q3→申請書類は自社だけで作れますか？

A3→可能ですが、

• 補助金の専門家

• IT導入支援事業者

に相談するとミスを防げます。

Q4→補助金申請に期限はありますか？

A4→はい、年度ごとに締め切りがあるため、早めの準備が必要です。

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