電子カルテ導入に使える補助金は？補助額・対象・申請方法を解説【2026年度】

ポイント

• クリニックの電子カルテ導入には「デジタル化・AI導入補助金2026」が活用できる

• 病院の場合は「電子カルテ情報標準規格準拠対応事業」もある

• 補助金は「交付決定後」の契約・購入が必須であり、事前契約は補助対象外になるため注意が必要

電子カルテ導入に使える補助金は？

電子カルテを導入する際に活用しやすい代表的な補助金として、経済産業省・中小企業庁が管轄する「デジタル化・AI導入補助金2026」と厚生労働省の「電子カルテ情報標準規格準拠対応事業」があります。

医療法人や個人事業主のクリニックでも、条件を満たせば電子カルテ導入費用の一部について補助を受けられる可能性があります。

ただし、「電子カルテ情報標準規格準拠対応事業」は20床以上保有する病院しか活用できない点にご注意ください。

本コラムでは、「デジタル化・AI導入補助金2026」をメインに紹介いたします。

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デジタル化・AI導入補助金で電子カルテを導入するには？

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者等がDXや業務効率化を進める際、ITツール導入費用の一部を支援する制度です。

電子カルテは、診療情報の一元管理や会計業務の効率化につながるため、本補助金の対象となるケースがあります。

登録済みのITツールとして認定されている電子カルテには、以下のようなシステムがあります。

対象者

本補助金を利用できるのは、一定条件を満たした中小企業・小規模事業者等です。

医療法人の場合は「常時使用する従業員数300人以下」であれば対象となる可能性があります。また、個人開業のクリニックも対象です。

主な条件は以下の通りです。

• 日本国内で事業を行っていること

• GビズIDプライムを取得していること

• SECURITY ACTION（一つ星または二つ星）を宣言していること

• 地域別最低賃金以上を遵守していること

どの枠に申請すればいい？

デジタル化・AI導入補助金には、電子カルテ導入で主に利用される「インボイス枠（インボイス対応類型）」と「通常枠」があります。

どちらを選ぶかによって、補助率や補助上限額が変わります。

クリニックの場合は、まず「インボイス枠（インボイス対応類型）」に対応している電子カルテかどうか確認するのがおすすめです。

インボイス枠では、電子カルテ本体だけでなく、PCやタブレットなども補助対象となる場合があります。

通常枠

通常枠は、クリニックや病院が生産性向上を目的としてITツールを導入する際に利用できる制度です。

電子カルテ本体だけでなく、クラウド利用料や導入設定費用、マニュアル作成費用なども補助対象となります。

一定条件を満たす場合は、補助率が2/3以内に引き上げられるケースもあります。

また、保険医療機関であるクリニック等は、一部の賃上げ要件が免除される場合があります。

通常枠では、患者登録・会計・レセプト請求などを一元管理できる電子カルテを導入するケースが代表例です。

例えば、歯科クリニックで「電子カルテシステムWith」を導入することで、

• 会計業務の効率化

• 在庫管理の一元化

• スタッフ負担の軽減

などにつながります。

インボイス枠インボイス対応類型

インボイス枠（インボイス対応類型）は、インボイス制度に対応したITツール導入を支援する制度です。

通常枠より補助率が高く、さらにPCやタブレットなどのハードウェアも補助対象となる点が特徴です。

小規模事業者の場合は、補助率が最大4/5になるケースもあります。

インボイス枠では、診療録の電子化と会計業務効率化を目的に電子カルテを導入するケースが多く見られます。

例えば、内科クリニックで「BrainBoxVⅣ」を導入する場合、

• 電子カルテ本体

• 医師用タブレット

• 受付用プリンター

なども補助対象になる可能性があります。

会計待ち時間の短縮や、診療業務の効率化を進めやすくなる点がメリットです。

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デジタル化・AI導入補助金の申請の流れ

デジタル化・AI導入補助金は、クリニックとIT導入支援事業者（ベンダー）が共同で申請を進める制度です。

電子カルテを導入する場合は、事前準備から実績報告まで複数の手続きが必要になります。

特に「交付決定前の契約・購入は補助対象外」という点は重要です。

1. 事前準備

まずは、自院の課題に合った電子カルテとIT導入支援事業者を選定します。

申請前には、以下の準備が必要です。

• GビズIDプライムアカウントの取得

• SECURITY ACTION（一つ星または二つ星）の宣言

• 導入する電子カルテの選定

• IT導入支援事業者への相談

GビズIDプライムは発行まで約2週間程度かかる場合があるため、早めの準備がおすすめです。

2. 交付申請（ITツールの選定〜申請提出）

事前準備が完了したら、IT導入支援事業者と連携して交付申請を進めます。

主な流れは以下の通りです。

事業計画では、「電子カルテ導入によってどのように業務改善するか」を具体的に示す必要があります。

3. 交付決定〜補助事業の実施

申請後は、事務局による審査が行われます。

採択されると「交付決定通知」が届き、その後に電子カルテの契約・導入・支払いを進めます。

ここで最も注意したいのが、契約や購入のタイミングです。

電子カルテは、必ず「交付決定後」に契約・発注・支払いを行う必要があります。

交付決定前に契約してしまうと、原則として補助対象外になります。

4. 実績報告と補助金の交付

電子カルテ導入後は、実績報告を提出します。

実績報告では、以下のような書類が必要になります。

• 領収書

• 振込明細

• 契約書

• 納品書

• 導入完了が分かる資料

事務局による確認後、補助金額が確定し、指定口座へ補助金が振り込まれます。

なお、補助金は後払い方式のため、一度自院で費用を支払う必要があります。

5. 効果報告

補助金受給後も、一定期間は事業実施効果の報告義務があります。

主に以下の内容を報告します。

• 電子カルテの活用状況

• 労働生産性の改善状況

• 業務効率化の成果

デジタル化・AI導入補助金では、導入後の成果確認まで含めて制度設計されているため、導入後も継続的な管理が必要です。

また、申請時から実績報告まで、IT導入支援事業者がサポートを行うケースが一般的です。

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デジタル化・AI導入補助金で電子カルテ導入の際の注意点は？

クリニックがデジタル化・AI導入補助金を活用して電子カルテを導入する際は、契約タイミングや対象製品の条件などに注意が必要です。

特に、「交付決定前の契約」「未登録ツールの導入」は、補助対象外となる代表的なケースです。

1. 交付決定を受ける前に契約・支払いを進めない

補助金を利用する上で最も重要なのが、「交付決定後」に契約・購入を行うことです。

電子カルテは、事務局から交付決定通知を受け取った後に、

• 契約

• 発注

• 納品

• 支払い

を進める必要があります。

交付決定前に契約や支払いをしてしまうと、その費用は原則として補助対象外になります。

そのため、ベンダーとの打ち合わせや見積取得は事前に進めつつ、正式契約のタイミングには注意しましょう。

2. 事務局に登録された「IT導入支援事業者」と「ITツール」を選ぶ

デジタル化・AI導入補助金は、クリニック単独で申請する制度ではありません。

事務局に登録された「IT導入支援事業者」と共同で申請を行います。

また、導入する電子カルテも、事前登録された「ITツール」である必要があります。

確認すべきポイントは以下の通りです。

検討中の電子カルテが補助対象かどうかは、事前に必ず確認しておきましょう。

3. インボイス枠での端末購入は「同一事業者からの購入」が必須

インボイス枠（インボイス対応類型）では、電子カルテだけでなく、

• PC

• タブレット

• プリンター

• 複合機

なども補助対象になる場合があります。

ただし、ハードウェアを補助対象にするためには、「電子カルテを購入する同じIT導入支援事業者から購入する」必要があります。

例えば、

• 電子カルテはベンダーA

• PCは家電量販店

という形で別々に購入した場合、PC費用は補助対象外になる可能性があります。

端末も含めて補助金を活用したい場合は、ソフトウェアとハードウェアをまとめて提供できるベンダーを選ぶとスムーズです。

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電子カルテ情報標準規格準拠対応事業【厚生省】

最後に「電子カルテ情報標準規格準拠対応事業」についても紹介します。

この補助金は、原則として「病院」（20床以上の入院施設を持つ施設）が対象であり、クリニック（診療所）は利用できません**。クリニックの方はデジタル化・AI導入補助金の活用をご活用ください。

事業の目的

全国の医療機関で患者情報をスムーズに共有できる「電子カルテ情報共有サービス」の普及を目的としています。

病院がこのサービスに接続するためのシステム整備費用を補助することで、医療情報の共有を推進します。

補助の対象となる医療機関

医療法上の「病院」（20床以上の入院施設を持つ施設）が対象です。

また、前提条件として「オンライン資格確認等システム」および「電子処方箋管理サービス」を導入している（または導入予定である）必要があります。

補助の対象となる内容

電子カルテ内の情報を厚生労働省の標準規格（FHIR形式）に変換し、電子的に送受信するための改修費用が対象です。

具体的には、診療情報提供書などの「3文書（または2文書）」と、傷病名、アレルギー情報、処方情報などの「6情報」を共有可能にするための整備が含まれます。

補助率と補助限度額

補助率は一律で1/2以内となっており、補助限度額は病院の規模（病床数）や導入する情報の範囲によって以下のように設定されています。

クリニックでの電子カルテ導入を検討されている方は、前述の「デジタル化・AI導入補助金」の活用を優先的に検討しましょう。

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よくある質問

Q. 電子カルテ導入に使える補助金は何ですか？

主に「デジタル化・AI導入補助金2026」と「電子カルテ情報標準規格準拠対応事業」の2つがあります。

クリニックの場合は、「デジタル化・AI導入補助金」の活用が中心になります。

Q. 電子カルテ情報標準規格準拠対応事業は無床診療所も使えますか？

いいえ、無床診療所は対象外です。

この制度は、医療法上の「病院」を対象としているため、

• 無床診療所

• 19床以下の有床診療所

• 一般クリニック

は利用できません。

クリニックで電子カルテ導入を検討している場合は、「デジタル化・AI導入補助金」の活用を検討しましょう。

参考：デジタル化・AI導入補助金

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